Desde hace 6 años algunos integrantes de la comunidad de San José de Apartadó han denunciado presunta connivencia entre militares y el Clan Úsuga. En los últimos meses, según versiones de líderes de la zona, esos señalamientos públicos que han hecho, han terminado en persecuciones de autoridades judiciales.
Las judicializaciones, estarían basadas en presuntos delitos de rebelión, narcotráfico y concierto para delinquir. Según los denunciantes, las autoridades sindican a varios habitantes de tener nexos con las Farc.